Urođene malformacije nervnog sistema (Q00-Q07)
| Q00 | Nedostatak mozga i slične malformacije |
| Q01 | Kila mozga |
| Q02 | Mala glava |
| Q03 | Urođena vodena glava |
| Q04 | Druge urođene anomalije mozga |
| Q05 | Rascep stuba kičme |
| Q06 | Druge urođene malformacije kičmene moždine |
| Q07 | Druge urođene anomalije nervnog sistema |
Urođene malformacije oka, uva, lica i vrata (Q10-Q18)
| Q10 | Urođene malformacije kapka, suznog aparata i duplje oka |
| Q11 | Nedostatak oka, malo oko i preveliko oko |
| Q12 | Urođene malformacije očnog sočiva |
| Q13 | Urođene malformacije prednjeg segmenta oka |
| Q14 | Urođene anomalije zadnjeg dela oka |
| Q15 | Druge urođene anomalije oka |
| Q16 | Urođene malformacije uva koje uzrokuju oštećenje sluha |
| Q17 | Druge urođene malformacije uva |
| Q18 | Druge urođene malformacije lica i vrata |
Urođene malformacije cirkulatornog sistema (Q20-Q28)
| Q20 | Urođene malformacije pretkomore i komore srca |
| Q21 | Urođene malformacije pregrade srca |
| Q22 | Urođene malformacije plućnih i trolisnih zalistaka |
| Q23 | Urođene malformacije aortnog i mitralnog zaliska |
| Q24 | Druge urođene malformacije srca |
| Q25 | Urođene malformacije velikih arterija |
| Q26 | Urođene malformacije velikih vena |
| Q27 | Druge urođene malformacije perifernog sudovnog sistema |
| Q28 | Druge urođene malformacije sistema krvotoka |
Urođene malformacije sistema za disanje (Q30-Q34)
| Q30 | Urođene malformacije nosa |
| Q31 | Urođene malformacije grkljana |
| Q32 | Urođene malformacije dušnika i bronhija |
| Q33 | Urođene malformacije pluća |
| Q34 | Druge urođene malformacije sistema za disanje |
Rascep usne i rascep nepca (Q35-Q37)
| Q35 | Rascep nepca |
| Q36 | Rascep usne - „zečja“ usna |
| Q37 | Rascep usne i nepca |
Druge urođene malformacije sistema za varenje (Q38-Q45)
| Q38 | Druge urođene malformacije jezika, usta i ždrela |
| Q39 | Urođene malformacije jednjaka |
| Q40 | Druge urođene malformacije gornjih organa za varenje |
| Q41 | Urođeni nedostatak, urođena pregrada i suženje tankog creva |
| Q42 | Urođeni nedostatak, urođena pregrada i suženje debelog creva |
| Q43 | Druge urođene malformacije creva |
| Q44 | Urođene malformacije žučne kese, žučnih kanala i jetre |
| Q45 |
Druge urođene malformacije organa za varenje |
Urođene malformacije polnih organa (Q50-Q56)
| Q50 | Urođene malformacije jajnika, jajovoda i širokog ligamenta |
| Q51 | Urođene malformacije materice i grlića materice |
| Q52 | Druge urođene malformacije polnih organa žene |
| Q53 | Nespušten testis |
| Q54 | Urođen rascep na donjoj strani penisa |
| Q55 | Druge urođene malformacije muških polnih organa |
| Q56 | Neodređen pol i prividna dvopolnost |
Urođene malformacije mokraćnog sistema (Q60-Q64)
| Q60 | Nedostatak i nerazvijenost bubrega |
| Q61 | Cistična bolest bubrega |
| Q62 | Urodene prepreke karlice bubrega i malformacije mokraćovoda bubrega |
| Q63 | Druge urođene malformacije bubrega |
| Q64 | Druge urođene malformacije mokraćnog sistema |
Urođene malformacije i deformacije mišićno–koštanog sistema (Q65-Q79)
| Q65 | Urođeni deformiteti kuka |
| Q66 | Urođeni deformiteti stopala |
| Q67 | Urođene mišićno-koštane deformacije glave, lica, kičme i grudnog koša |
| Q68 | Druge urođene deformacije mišićno-koštanog sistema |
| Q69 | Prekobrojni prsti |
| Q70 | Sraslost prstiju |
| Q71 | Urođena skraćenost ruke |
| Q72 | Urođena skraćenost noge |
| Q73 | Urođena skraćenost uda, neoznačena |
| Q74 | Druge urođene anomalije uda(-ova) |
| Q75 | Druge urođene anomalije kostiju lobanje i lica |
| Q76 | Urođene malformacije kičme i kostiju grudnog koša |
| Q77 | Nepravilan razvoj kostiju i hrskavica sa lošim stvaranjem šupljih kostiju i kičme |
| Q78 | Drugi nepravilan razvoj kostiju i hrskavice |
| Q79 | Urođene malformacije mišićno-koštanog sistema, neklasifikovane na drugom mestu |
Druge urođene malformacije (Q80-Q89)
| Q80 | Urođena krljuštica |
| Q81 | Mehurasto ljuštenje pokožice |
| Q82 | Druge urođene malformacije kože |
| Q83 | Urođene malformacije dojke |
| Q84 | Druge urođene malformacije kože i kožnih adneksa |
| Q85 | Fakomatoze – tumori sočiva oka, neklasifikovane na drugom mestu |
| Q86 | Sindromi urođenih malformacija izazvani poznatim spoljnjim uzrocima, neklasifikovani na drugom mestu |
| Q87 | Drugi označeni sindromi urođenih malformacija više sistema |
| Q89 | Druge urođene malformacije, neklasifikovane na drugom mestu |
Hromozomske nenormalnosti, neklasifikovane na drugom mestu (Q90-Q99)
| Q90 | Downov sindrom |
| Q91 | Edwardov i Patauov sindrom |
| Q92 | Druge trizomije i delimične autozomne trizomije, neklasifikovane na drugom mestu |
| Q93 | Monozomije i delimične autozomne monozomije, neklasifikovane na drugom mestu |
| Q95 | Uravnotežene hromozomske preraspodele i strukturni markeri, neklasifikovani na drugom mestu |
| Q96 | Turnerov sindrom |
| Q97 | Druge anomalije polnog hromozoma, ženski fenotip, neklasifikovane na drugom mestu |
| Q98 | Druge anomalije polnog hromozoma, muški fenotip, neklasifikovane na drgugom mestu |
| Q99 | Druge hromozomske anomalije, neklasifikovane na drugom mestu |